客船、潜水艦、戦艦、種類を問わず次々と原子力船の行方不明が報告された。
原子力を狙う、ギャラクターの鉄獣アイスキャンダーの仕業だった。
この事件の調査中、忍者隊は潮流に逆らって進む怪しい氷山の報告を受ける。後を追って北極へ行ったゴットフェニックスは氷山の中の基地を発見し、健とジュンが潜入する。
基地の中では、原子炉を取り外し、乗客や乗組員を隊員にする改造手術が行われていた。ギャラクターは、この作戦により、原子力と人員の二つを手に入れようとしていたのだ。
今しもカッツェによって、客船に乗っていた少女の手術が執行されようとしたその時、健達が乱入、少女の手術は止められたが、カッツェは時限爆弾を置いて彼等を手術室に閉じ込めた。その時、少女と同船していた車椅子の老人が、時限爆弾を抱えて自ら犠牲となり、爆破から彼等を救った。
手術室から出た健達は、まずさらわれた人々を乗船させて逃がし、基地を爆破して脱出した。
追うアイスキャンダーを、ゴットフェニックスは科学忍法火の鳥で迎え撃ち鉄獣は炎上した。
●ラストナレーション
残り少ない命を捨てて、少女と科学忍者隊を救った老人が、形見に残した小さなパイプ。母が待っている故郷に船出する少女の手に、今しっかりと握られている。ギャラクターを倒し、あの少女を救えたことを、ガッチャマンは心から喜んでいた。
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