砂漠緑化計画の一環として、ISOが作った人造湖が消えた。原因探索の為、アフリカへ飛んだ忍者隊は、長老から移動する赤い砂の伝説を聞く。赤い砂は永遠に燃え、文明を栄えさせやがて滅ぼしたというのだ。健は秘密を知る長老に尋ねるが、沈黙でしか答えなかった。
ギャラクターに連れ去られる長老を追った甚平は、ペンダントを拾う。中入っていた赤い砂を南部に送ると、分析の結果、それは新種のバクテリアで、未発見の強力なエネルギー源である事が解った。ウランの数千倍の力を持ち、水を与えると分裂、着火により大爆発を巻き起こす。この膨大なエネルギーをギャラクターは手に入れようとしていた。
ギャラクターは水に反応する紅い砂の特性を利用して紅い砂を探していた。地底からアリジゴクメカが湖の水を吸い込み、別の場所へ水を移動させて砂漠に湖を作って探している事が分かった。
ジョーとジュンは古い油田跡地の地下にアリジゴクメカを発見する。その油田跡地の穴の幅を広げゴットフェニックスで進入する。
地底に潜ったゴットフェニックスは、鉄獣の通った穴を辿りギャラクターの基地を発見潜入する。しかし、忍者隊の進入を知ったギャラクターは、秘密を聞き出した長老を射殺し、一足先に赤い砂の閉じ込められている場所へ向かう。
忍者隊にその場所を告げ、息絶える長老。ゴットフェニックスが急行した時は遅く、鉄獣によって赤い砂は奪われてしまった。最後の作として、科学忍法火の鳥で鉄獣に向かうゴットフェニックス。炎に接触した赤い砂は、ギャラクターの野望と共に燃え尽きていった。
●ラストナレーション
巨大なエネルギーを秘めたあの赤い砂が増え続け、ギャラクターの手に渡っていれば世界は完全に滅びていただろう。ガッチャマンはホッと胸を撫で下ろしながら、月の砂漠を後にした。
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