宇宙から地下資源を報告するアースコンパクト装置と共に宇宙船が行方不明となった。
南部の司令を受けた忍者隊は、宇宙船が消息をたった近辺の海底へ向かう。そこでは、巨大な海底空母が蟹型ブルドーザーを吐き出し、ウラン工場を建設していた。バードミサイルを打ち込もうとする竜を制止て、単身空母へ潜入した健。
空母内で宇宙船のカプセルを発見するが、すでに殺害した宇宙船の飛行士を、生きている様に見せた司令によって取られ捕らわれてしまう。
だが、地下へと連行される健を、ジョーの機転で彼を追って忍び込んでいた甚平により救出される。二人は装置を回収し、空母内のコンピューターを破壊して脱出した。
司令はカッツェの叱責を受け、タートルキングの頭部ロケットに乗りゴットフェニックスに体当たりを試みたが、健のとっさの判断で科学忍法火の鳥となったゴットフェニックスの炎に焼き尽くされてしまった。
●ラストナレーション
こうして科学忍者隊は、勝利をおさめた。しかし、この時すでにギャラクター、一味は世界征服を狙って次の計画を着々と進めていた。頑張れガッチャマン。
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