ウラン貯蔵庫を巨大な亀型の鉄獣タートル・キングが襲った。この報を受けた国際科学技術庁及び各国代表は色めきたったが、一人ギャラクターの存在を早くから察知していた南部は、ここに国際的犯罪組織であるギャラクターと、それに対抗する為組織された科学忍者隊の存在を明らかにした。
南部の司令を受け、忍者隊はゴットフェニックスに合体直ちに鉄獣の現れたロケット打ち上げ基地に向かった。
初陣にはやるジョーを押し止め、ジュンと共に鉄獣に潜入する健。健の手引きで鉄獣内に進入したゴットフェニックスからジョー・甚平・竜も乗り込んでギャラクター隊員達と乱戦となる。
一方、鉄獣の指揮をとる司令は、ギャラクターの首領ベルク・カッツェに忍者隊の存在を報告。さらに、カッツェから総裁Xへと知らされて行く。カッツェは、総裁Xの指示で忍者隊を抹殺するよう命令した。
鉄獣を自爆させゴットフェニックスもろとも忍者隊を葬ろうとする司令。だが間一髪、科学忍法火の鳥で、ゴットフェニックスは鉄獣から脱出したのだった。
●ラストナレーション
「タートル・キングとともに落下したゴッド フェニックスは火の鳥となって、天高く舞い上がった。生死を賭けた科学忍法火の鳥。そして、ガッチャマンの運命は! 頑張れガッチャマン。」
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