総裁Ｘが去って3年後、宇宙から総裁Ｘが光の物体となって再来し、豪華客船クィーンマーガレット号にその光の物体が激突して沈んだ。
乗客の中にいた特殊染色体を持った子供が総裁Ｘにさらわれ、瞬間成長装置（人間改造機）によって３歳の子供から数ヶ月で２５歳の宇宙的知能を与えられたミュータントとして成長した。その子供は総裁Ｘにゲルサドラと名付けられた。
ゲルサドラは、一ヶ月間に有能な科学者23名、軍事武官93名、兵士9111名をさらい洗脳してギャラクターを短期間で再組織した。
南部博士は、総裁Ｘがいずれもどってくると予測、有志を集めゴットフェニックスと基地を新に作り直した。基地はＧタウンといい巨大な移動海底基地であった。ゴットフェニックスはニューゴットフェニックスとなり生まれかわった。
先の戦いでＧ2号コンドルのジョーを失っていた忍者隊は、情報部（ISO？）から特に推薦をうけて情報部員フォークゲッツを新たなＧ2号として迎え入れた。
しかし本物のゲッツはすでにギャラクターに暗殺されていた。偽ゲッツはギャラクターのスパイであった。
失踪事件を総裁Ｘの再来と判断した南部博士は、密かに待機させていた科学忍者隊を出動させた。
ギャラクター基地に侵入した時に、ゲッツの正体がわかり、忍者隊は窮地に追い込まれる。偽ゲッツに逃げられては忍者隊の機密がすべてギャラクターに知られてしまうからだ。偽ゲッツを追うが、ゲッツは何者かに羽根を首に刺されて絶命していた。羽を見て忍者隊はジョーが生きていたのではないかと、希望を抱いた。
ギャラクター基地を破壊する為に戦闘機イーグルシャープに乗った健は敵にやられ墜落してしまう。イーグルシャープが炎に包まれて意識を失う時、健にはジョーの幻が見えた、健が意識を取り戻すと謎めいたＤｒ.ラッフェルという老人に助けられていた。Ｄｒ.ラッフェルは元はギャラクターの科学者だったが今は総裁Ｘを倒す事に執念を燃やしていた。ラッフェルの肩には小鷹が乗っていたその羽根がゲッツを仕留めた羽根と似ていた。一瞬ジョーが生きていたと思っていた忍者隊は落胆する。
その後、戦いのなか幾度となく危機が訪れた時に忍者隊を救う誰とはわからない人物が現れていた。
ギャラクターの基地の爆発で大地震が起こり、このままだと近隣の都市が壊滅的な被害が及ぶ事が分かった。地下に潜り、特所爆弾をマントルに打ち込む事が都市を救う手段だった。その為には耐久性が一番あるＧ2号機コンドルアタッカーが選ばれたが、その任務は生きて帰ってくる保証はなかった。
南部博士がコンドルアタッカーに乗り込んで行こうとするのを健達が止めようとしていた時、死んだと思われていたＧ２号コンドルのジョーが危機を救いに忍者隊の前に現れた。今まで影ながら忍者隊を助けていたのはジョーだった。
彼は科学者Ｄｒ.ラッフェエルによって救われていたのだった。
ジョーはコンドルアタッカーで地中に潜っていった。コンドルアタッカーは中に搭乗している人間無事とは思えない状態で帰ってきた。だが任務を終えジョーは無傷で戻り皆を驚かせた。
それから忍者隊に戻ったジョーには不意に姿を消したり、スタンドプレーにはしるなどの行動がみられ、健たちに不審がられていた。
ある時、南部博士に有能な秘書としてシルビー・パンドラ博士が着任した。サイボーグ研究の権威パンドラは、ジョーがサイボーグだと見抜いてしまう。健たちにも知られる事になった。ジョーはＤｒ.ラッフェルに総裁Ｘを倒す切り札としてサイボーグにされたのだった。
ゲルサドラは、総裁Ｘに言われるままに、忍者隊に何度も破壊されながらもソーラーシフター（巨大レーザー砲）を装備した基地をいくつも建設していた。
パンドラ博士は、国際科学平和賞を太陽望遠鏡を建設したことで受賞したリッチマンに受賞式会場で出会う。パンドラ博士はリッチマンに不思議な感応を覚える。その太陽望遠鏡のある展望台に忍び込みこんだパンドラはリッチマンがゲルサドラだと知る。健に助けられたパンドラはギャラクターが太陽を利用した作戦を遂行する情報をつかんだ。
その太陽を利用する計画とはギャラクターは金星、火星にもソーラーシフト基地を建設し、ソーラーシフト計画が完成しつつあった。
ソーラーシフト計画とは金星、地球、火星の三つのソーラーシフターから太陽に向けてビームを発し、 それによって太陽の融合反応を極性化させ、移動させるものだった。総裁Ｘは、敵対する星に対して太陽をぶつけるつもりだったのだ。そして太陽系全体も破壊される恐ろしい計画だった。ゲルサドラは地球を大改造する計画と信じ込まされていた。
火星の探査機が破壊され火星にギャラクターのソーラーシフト計画のビーム砲を設置した基地がある事が分かる。
南部博士は、健が四日で火星に到達する高速小型ロケットオービターG号に搭乗し、火星基地を破壊に向かい、他の忍者隊は地球のメインビームを探す事を命令される。健は敵の攻撃を受けながら基地破壊に成功するが機体が破損し航行不能になる。
ジョーは引き続き地球の基地を探すように南部博士に命令されていたが、健の救助に行く救助ロケットの乗組員を気絶させロケットに乗り込み単身助けに行く。ジョーは通信が途絶えた健を探そうと赤外線暗視装置を組みたて危険を承知で暗視装置で健を探しだすが、暗視装置を使ったために目が見えなくなる。
ギャラクターは火星基地を三日で修復させ、ギャラクターはビーム砲を発射する。発射されたおかげで地球に残った忍者隊は基地を発見する。ニューゴットフェニックスの攻撃が基地に全くききめがなかった。その時地球に帰ってきた健とジョーは、乗ってきたロケットを基地に激突させて、基地を破壊した。
ビーム砲の発射によって太陽が変動し、地球に天変地異がおこる。ISOはソーラーシフターのメインビーム発射装置の場所を検知する装置の開発していたＩＳＯ本部ビルも大津波によって飲み込まれてしまう。ソーラーシフター探知装置はゲルサドラに妨害されながらも取り戻す事が出来た。
目は治療されて見えるようになっていたジョーは、ギャラクターに普段の姿の時に襲われて傷つき、エネルギー補給の為にＤｒ.ラッフェルの所にいくがギャラクターにつけられ、補給基地は破壊されてラッフェルは殺されてしまう。ジョーはエネルギー補給が出来なくなるという危機に陥る。
ゲルサドラは自分に幼い時から今までの記憶がない事を不審に思い総裁Ｘに尋ね、初めて自分が急激に大きくなった事を知り、自分の母親を捜し始める。クィーンマーガレット号の乗船名簿をみて自分の母親がパンドラ博士だと知ったゲルサドラは、パンドラ博士と再会するがソーラーシフト計画の真実を告げられそうになり総裁Ｘによってパンドラ博士は爆死させられてしまう。ゲルサドラは母親を殺され初めて人間らしい感情に目覚める。そしてソーラーシフト計画の真実も知ってしまう。
南部博士はジョーのエネルギー問題を解決しようとジョーの身体を調べていた。ジョーの心臓のあたりにマイクロスペースボンバー、総裁Ｘに反応して爆発する爆弾を発見する。それは、総裁Ｘを倒すためにDr.ラッフェルがジョーの体に仕込んだ物だった。
ジョーを総裁Xに近づけまいと残し、忍者隊はソーラーシフター探知装置で、メインビームを探し破壊しに出動する。
ジョーは基地を脱出し高圧電流で一時的にエネルギーを補給する。
再びメインビーム砲を再建設したギャラクターは、ソーラーシフト計画を遂行する為に総裁Ｘ自身が発射ボタンを押したが、ビームー砲は発射されなかった。ゲルサドラが総裁Ｘを裏切り装置を破壊したのだった。
ゲルサドラは、攻撃され傷つきながらギャラクター基地を脱出した。健はゲルサドラの円盤を発見し後を追った。ジョーも他のギャラクター隊員を追って健とゲルサドラに追いつき、健に当て身をして気絶させ、ゲルサドラに総裁Ｘの本体場所を案内させて二人で乗り込んでいった。
ゲルサドラは、ギャラクター隊員によって致命傷を受けてしまう。ジョーは総裁Ｘの本体に挑むが倒される。健たち忍者隊が到着し、健が総裁Ｘに挑む。ゲルサドラが総裁Ｘの急所を教える。ジョーは総裁Ｘの内部に飛び込むが、健が投げたバードソーサーがジョーの爆弾が反応するよりも早く総裁Ｘの急所を叩き総裁Ｘは崩壊する。
ゲルサドラは瀕死の状態で花畑に歩き、自然の美しさに感嘆し次に生まれ変わったらこの償いをしたいと絶命する。身体はもとの子供の身体にもどり、迎えに来たパンドラと手をつなぎ天国へ旅立っていった。
忍者隊は総裁Ｘを倒し帰途につくが、総裁Ｘのがれきの中に不気味に光る一つの部品があった。
ガッチャマンＦにつづく
文・鷹羽功騎 うまくまとまらなかったすいません。
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