内容科学忍者ガッチャマンとはまるで世界が違います。ガッチャマンクラウズ第一期の1年後2016年。
新潟県長岡市に暮らす、ごく普通の女子高生、三栖立つばさ。そこへ彼女の自宅の近くに、正体不明の宇宙船が墜落。調査のため、一ノ瀬はじめたち『立川CAGE』のＧメンバーがやって来る。宇宙船から現れたのは、数々の星を平和に導いてきたとされる異星人ゲルサドラ。その騒ぎのさなか野次馬の目の前でJ・J・ロビンソンが現れ、つばさからNOTEを抜き取りガッチャマンにする。つばさの教育係にはじめが任命される。ゲルサドラはガッチャマンに保護され、つばさといっしょに上京、ガッチャマン達がクラスマンションの一室で暮らしはじめる。
誰もがクラウズ（爾乃美家累作ったプログラムGALAXを介して携帯やパソコンなどから自分の代わりに行動を起こす奇異な姿をしたものを実体化することが出来る。）を使える世界になったが、それを危険視する赤いクラウズが現れ（通常は青）、クラウズの危険性を示すように暴れはじめる。その赤のクラウズを組織している中心人物が医大生の鈴木理詰夢。いずれ人類はクラウズを平和的に使いこなせるようになると信じているクラウズを作った現在はガッチャマンになっている爾乃美家累と鈴木理詰夢は敵対する。（爾乃美家累と鈴木理詰夢は宇宙人のベルク・カッツェにNOTEを抜かれ、クラウズを操れる力を持っている。）鈴木理詰夢は爾乃美家累を刺し、逮捕、留置された。累は大けがを負ったが命は助かった。
一方ゲルサドラは、子供の姿から大人の姿に変わり国民がネットで首相を選べる選挙に立候補、当選し、首相となる。官僚の天下りなどの今までの政治家かが解決できなかった政治の暗部をすべて解決し、大臣や官僚など全て転職させ、自分一人で政治を運用するようになる。つばさはゲルサドラに感化され、協力していく。
ゲルサドラは人の感情が吹き出しのように具体化し人々の頭の上に表せる力を持ち、その吹き出しを吸い込み人々の気持ちを知ることが出来た。ゲルサドラは人々を幸せにしようと全ての人間の感情を一つになるようにしようとする。はじめ達は、その事に危機を感じ、つばさと対立する、つばさはガッチャマンをやめゲルサドラの活動に専念してしまう。
吹き出しを吸い込み人の考えを知ろうとするが、飽和状態になり、はき出すとその赤い吹き出しから「くうさま」という謎のぬいぐるみのような謎の生物が現れる。
無数のくうさまが現れ、ガッチャマンは緊急出動するが、くうさまは人々を慰め癒やしを与えていた。危険は無いと判断したリーダーパイマンは、安全宣言を出す、人々の生活に溶け込んでいっしょにくうさまは暮らしはじめた。累もくうさまにとりこまれ、赤ん坊のようにくうさまかこまれ部屋に閉じこもった、Xの呼びかけにも応じなかった。
やがて、人々と同じ感情にならない人間を飲み込みはじめた。
人々のゲルサドラに対する評価は一変し、ゲルサドラは人々から疎まれる存在になってしまった。
留置されていた鈴木理詰夢は同士の力によって留置所から脱出する、Xに累を元に戻す事に協力してほしいと頼まれ、累に語りかける。累はくうさまの呪縛から逃れる。
ゲルサドラはガッチャマン達がかくまう事になる。投票でゲルサドラは排除される事になった。ガッチャマンの元へつばさももどり、子供の姿に戻ったゲルサドラをどうするか話し合う。結果、はじめの提案した作戦でゲルサドラをガッチャマンの手で葬る。その映像を人々に中継してみせ、そこまでする事はない空気に持って行く、実ははじめの胸の中に居るカッツェの力でゲルサドラに変身したはじめが、かわりにガッチャマン達の攻撃を受けていた。そのことをつばさがテレビに人々に訴え、ゲルサドラはガッチャマンの監視のもと地球で暮らす事を許された。くうさまも消え、一連の騒動は落ち着いた。
はじめは重傷を負い、うつつの力で治療され、昏睡状態からめざめた。
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